L’Autorité de Régulation ayant perçu en 2010 un budget annuel plein alors que ses activités n’avaient débuté qu’en fin d’année, elle se retrouve avec un fond de roulement (22 millions d’€) excédant ses besoins. C’est la raison pour laquelle l’ARAF a décidé de renoncer à la perception de son budget en 2014.
Mais cette non perception peut s’opérer de deux façons : ou bien Réseau Ferré de France (RFF) ramène de 0,37 millièmes à zéro la part des péages acquittée par les entreprises ferroviaires au titre du financement de l’ARAF ; ou bien, la loi de finances fixe à 0 euro le plafond budgétaire « accordé » à l’ARAF au lieu des 11 millions actuels. La différence n’est pas mince puisque, dans le premier cas, les opérateurs ferroviaires voient diminuer leurs charges de péage alors que dans le second, c’est le budget de l’Etat qui se trouve abondé par les ressources de RFF. La position de l’ARAF est clairement en faveur de la première solution : « les péages ne constituent pas une taxe mais un droit d’usage. Il est normal que la baisse de celui-ci (consécutive à la non imputation des 0,37 millièmes qui n’ont plus d’affectation)bénéficie directement aux entreprises ferroviaires ».