Après un ultime vote du Sénat, la loi portant réforme ferroviaire a été définitivement adoptée le 23 juillet. Députés et sénateurs se sont en effet mis d'accord sur une version commune du projet prévoyant la création d’un groupe public ferroviaire constitué d'un établissement public de tête « mère » (la future SNCF) et de deux établissements « filles » : le gestionnaire d'infrastructure (SNCF Réseau) et l'exploitant (SNCF Mobilités). Les parlementaires n'ont que peu retouché la version que le Sénat avait modifiée. Les membres de la commission mixte paritaire ont notamment maintenu la suppression du commissaire du gouvernement auprès de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires (Araf), une suppression que réclamait l’AFRA.
Le régulateur ferroviaire est d’autant plus satisfait qu’il a vu ses pouvoirs renforcés. La satisfaction des régions est en revanche beaucoup plus mitigée. Elles ont obtenu le bénéfice d’un versement transport interstitiel (VTI) susceptible de rapporter 450 millions d’euros annuels consacrés au financement du transport régional. Mais cet apport est jugé insuffisant tandis que les régions devront se contenter de deux représentants au conseil de surveillance de la SNCF ainsi que de deux représentants au conseil d’administration de SNCF Réseau (Région et STIF). En outre, les régions n’ont pas obtenu la pleine maitrise des tarifs TER puisque le prix des abonnements reste fixé par l’Etat. Enfin et surtout, la grande absente de la réforme est l’ouverture à la concurrence puisqu’aucune disposition n’autorise explicitement les régions à lancer des appels d’offres pour l’attribution des concessions de service publique concernant les lignes conventionnées. Cette procédure, qui n’a pas été défendue par les Présidents de régions, va être cependant rendue obligatoire par le 4ème « paquet ferroviaire » européen qui pourrait être adopté en 2015.